Episcopia din Transilvania, fondată la sfârșitul primului mileniu, a jucat un rol deosebit în timpul Evului Mediu. Se poate ca atât episcopia cât și Consiliul Episcopului să fi avut în posesie cantități importante de materiale de arhivă, la fel și arhivele celorlalte centre bisericești, ale celorlalte arhiepiscopii și episcopate maghiare, însă toate au suferit pierderi uriașe în decursul secolelor. Astfel, se poate presupune că un număr mare de diplome originale fuseseră adunate și în Alba Iulia. În plus, pe baza activității locale se poate presupune că au fost arhivateși documente privind funcționarea autorităților publice din întreaga Transilvanie, precum și cele referitoare la activități de drept privat și acte de familie. În plus față de această activitate de notar public, alte documente privind proprietăți private și funcționarea Consiliului Episcopiei erau păstrate aici.
Timp de secole, arhivele Consiliului Episcopieis-au aflat în holul de la parterul turnului de sud al Catedralei din Alba Iulia. Conform situației din 1940, arhivele arhiepiscopiei erau situate în trei locuri diferite: Batthyaneum, în sala Consiliului Episcopiei (sala de consiliu), respectiv sub turnul sudic. După cel de-Al Doilea Război Mondial, arhivele episcopale au fost reorganizate de clerici care nu aveau cunoștințe de arhivistică. Ca urmare, documente care tratau același subiect au devenit accesibile în locuri diferite, făcând studierea dosarelor practic imposibilă pentru cei neinițiați.
După schimbarea regimului din România, ideea reorganizării arhivelor a fost enunțată la începutul anilor 1990 de Lajos Cicutti, un jurist pensionat care locuia la Roma și care a reușit să-i atragă de partea sa pe liderii Arhiepiscopiei de Alba Iulia precum și pe arhivarii maghiari. În 1997 aceștia au început munca, iar un an mai târziu, s-a efectuat o inspecție preliminară a materialului. Până la sfârșitul lunii octombrie 1998 au formulat prima propunere detaliată a reorganizării care includea sugestii privind depozitarea modernă a materialului. Munca efectivă de organizare a documentelor a început în primăvara anului 1999 și Arhiva Arhiepiscopiei din Alba Iulia din acel moment și-a deschis porțile pentru publicul larg. La început, munca de reorganizare a avansat lent deoarece mai întâi a trebuit dezinfectatăpartea infectată a materialului depozitat.Această procedură a inclus mai multe etape desfășurate între decembrie 2000 și aprilie 2001 în laboratorul de restaurare a hârtiei din cadrul Muzeului din Alba Iulia. Organizarea inițială de bază și apoi intermediară a materialului din Alba Iulia a fost finalizată la începutul anului 2003. Mai mult, în august 2002, s-a efectuat o inspecție în Cluj-Napoca a materialului arhivat de Biserica Catolică din Transilvania. Organizarea și examinarea documentelor arhivate au făcut necesară crearea unui dispozitiv bazat pe echipament modern care a fost pus în funcțiune până în vara anului următor.
În 2003 Biroul Episcopal a lansat un program de recuperare a documentelor printr-o circulară redactată de arhiepiscopul György Jakubinyi. Astfel, documentele arhivate de parohiile de pe teritoriul episcopiei au fost strânse în special cu finanțare din partea statului maghiar și structurate în centrele locale ale catedralelor. Atunci s-a schimbat numele arhivei în Arhiva Arhiepiscopiei de Alba Iulia. Până în prezent, nouă arhive au fost inființate în următoarele orașe: Alba Iulia (2003), Gherla (2005), Sfântu Gheorghe (2005), Târgu Mureș (2005), Gheorgheni (2007), Odorheiu Secuiesc (2008), Gherla (Armenian Catholic 2010), Cluj-Napoca (2011) și Miercurea Ciuc (2016). Aceste centre de arhivare păstrează dosarele sistematizate, care pot fi cercetate, a 80% din parohiile care formează episcopia.
În afara Arhivei Arhiepiscopale și Captiular, Arhivele Episcopiei includ și Arhiva Institutului Teologic din Alba Iulia, găzduită de o clădire a Seminarului Teologic, în care dosarele au început să fie organizate în 2004, și mai sus menționata Arhivă a Bisericii Catolice din Transilvania din Cluj-Napoca, în care organizarea materialului arhivat s-a încheiat în 2005. Organizarea arhivei episcopiei, respectiv a bisericii, crearea sistemului de fonduri și sub-fonduri de arhivă s-a bazat pe foarte puține exemple. La acel moment, organizarea arhivelor catolice din țară atinsese doar în puține locuri un nivel la care să se poată baza pe experiența proprie, iar documente privind arhivarea nu fuseseră încă publicate. Organizarea s-a bazat pe principiile stabilite în cadrul arhivelor bisericilor catolice maghiare; cu toate acestea, situația specială din Transilvania nu a permis respectarea în întregime a acestor principii în timpul lucrărilor de sistematizare.
Până în prezent, pe teritoriul Diocezei s-a procesat un fond documentar de 1800 de metri liniari, din care 1000 de metri liniari se află la Alba Iuliași includ documente din birourile centrale, în timp ce 800 de metri liniari reprezintă material sursă al parohiilor, iar aprox. 300 constau din arhivele unităților administrative ale bisericii (archiepiscopat, parohie, parohie subordonată). Cercetarea arhivelor este facilitată de cele cinci registre care au fost publicate până în prezent și care sunt accesibile și în format electronic pe website-ul instituției.
Arhiva Centrală a Arhiepiscopiei din Alba Iulia, Arhiva Archiepiscopală și Captiular care găzduiesc și Colecția Memorială Áron Márton funcționează în șapte camere renovate și dotate cu echipament profesional de la parterul palatului metropolitan. Suprafața de 200 metri pătrați adăpostește material de arhivă care însumează aprox. 1000 de metri de documente, fiind în continuă creștere. Aici sunt arhivate dosarele istorice ale Biroului Episcopal, fragmente din arhiva Consiliului Episcopului de Transilvania, ale școlii bisericii și documente economice, alte colecții valoroase, cum ar fi copii după documentele de stare civilă, moșteniri personale sau diplome. Documentele au fost aranjate în șapte fonduri după cum urmează: I. Arhiva Episcopală; II. Arhiva Consiliului Episopului de Transilvania; III. Arhiva Economică; V. Archivele altor instituții; VI. Arhive Personale; VII. Colecții. Cel de-al patrulea fond care nu este menționat aici (IV. Fond de grup) se găsește în Arhiva Bisericii Catolice din Transilvania în Cluj-Napoca.