Dosarul penal împotriva lui Gheorghe Muruziuc a fost deschis în data de 28 iunie 1966 de către procurorul raionului. Inițial, el a fost acuzat de încălcarea ordinii publice (huliganism). Mai târziu însă a fost adăugată acuzația mult mai serioasă de subminare a egalității naționale și rasiale dintre popoarele URSS. Pe 23 iulie 1966 dosarul său a fost transferat sub jurisdicția KGB. Muruziuc a fost acuzat de ”tendințe naționaliste” și de ”agitație sistematică cu scopul de a provoca ura și vrajba dintre persoane de diferite naționalități și de a submina egalitatea națională a popoarelor din cadrul URSS”. Conform actului de acuzare, încă din martie 1966 Muruziuc a început să răspândească diverse ”calomnii și minciuni” privind ”așa-numita discriminare a moldovenilor de către alte naționalități”, cu scopul de a ”incita sentimente de izolare și separare națională” în rândul compatrioților săi moldoveni. În același timp, el i-ar fi ”îndoctrinat” cu ”ideile naționalismului burghez” pe care le împărtășea. Autoritățile erau deosebit de alarmate de potențialul impact al viziunilor sale naționaliste. Un exemplu elocvent în acest sens erau conversațiile lui Muruziuc cu doi dintre cunoscuții săi: un angajat al organelor de miliție, Traciuk, și un avocat din orășelul învecinat, Fălești, pe nume Scripcaru, care fusese avocatul apărării într-un proces în care era implicat fratele lui Muruziuc. Astfel, Muruziuc a fost acuzat de ”falsificarea și distorsionarea dezvoltării istorice și a creării RSSM”, precum și de propagarea deschisă a ideii ”secesiunii RSS Moldovenești din componența URSS” și a dezvoltării ulterioare a acesteia drept un ”stat național independent”. Actul de acuzare enumeră cu grijă toate cazurile documentate, în care Muruziuc a făcut afirmații naționaliste, subliniind astfel nemulțumirea sa în legătură cu discriminarea națională a moldovenilor și convingerea sa, că era necesară secesiunea republicii din componența Uniunii Sovietice. Intenția inițială a lui Muruziuc de a arbora drapelul românesc pe 12 iunie era percepută ca o ”demonstrație simbolică de protest împotriva pretinsei discriminări a moldovenilor,” iar acțiunea sa temerară de arborare a drapelului pe acoperișul fabricii din data de 28 iunie a fost interpretată ca o manifestare a dorinței lui Muruziuc de a-și ”demonstra în mod deschis opiniile sale naționaliste în fața maselor, intenționând să provoace și să alimenteze ura în rândul moldovenilor față de persoanele de altă naționalitate și să trezească printre ei … o tendință de separare națională.” Comportamentul curajos al lui Muruziuc în timpul ședinței de partid din data de 30 iunie i-a agravat, în mod evident, situația. Dincolo de esența îngrijorătoare a mesajului său, insistența lui Muruziuc că viziunile sale erau împărtășite de ”întregul popor moldovenesc” au alarmat serios autoritățile, ca și sloganul său deschis ”Moldova pentru moldoveni.” Acțiunile sale în timpul conflictului de pe acoperișul fabricii au fost calificate drept o ”gravă încălcare a ordinii publice”. Ca urmare, Muruziuc a fost condamnat la doi ani de închisoare într-un lagăr de muncă. Actul de acuzare a fost emis la 25 octombrie 1966. Acest caz este un exemplu interesant al politicii autorităților sovietice față de manifestările ”naționalismului local”, frecvența cărora a crescut la sfârșitul anilor 1960 și la începutul anilor 1970. Corelația dintre opiniile unui individ și impactul lor asupra societății era unul dintre principalele criterii pentru severitatea sentințelor judiciare. Cazul lui Muruziuc ne arată foarte clar acest lucru.