Inițial, cazul împotriva lui Alexandru Șoltoianu a făcut parte din dosarul mai mare al grupului Usatiuc-Ghimpu-Graur. Șoltoianu a fost arestat la 13 ianuarie 1972, alături de ceilalți protagoniști ai acestui caz. Cu toate acestea, la 29 aprilie 1972, dosarul său a fost separat de celelalte, deoarece autoritățile sovietice nu au găsit dovezi convingătoare privind o legătură directă între activitățile lui Șoltoianu și cele ale Frontului Național Patriotic. Acuzațiile împotriva lui Șoltoianu s-au bazat pe afirmația că „el a întreprins, în mod sistematic, anumite activități organizaționale îndreptate spre crearea unei organizații naționaliste clandestine, cu scopul de a lupta împotriva ordinii sociale care există în prezent în URSS și de a submina puterea sovietică”. O acuzație deosebit de gravă se referea la „răspândirea, în anturajul său imediat, a calomniilor și minciunilor care discreditau statul sovietic și ordinea socială din URSS”, inclusiv prin „producerea, depozitarea și răspândirea unor documente de natură ostilă [puterii sovietice].” Este interesant faptul că acuzația specifică de susținere și propagare a „secesiunii RSS Moldovenești și a unei părți a RSS Ucrainene” din componența Uniunii Sovietice și a unificării acestora cu România nu figurează în mod vădit în acest document. Severitatea deosebită a atitudinii autorităților față de cazul lui Șoltoianu și sentința foarte dură se datorează, în special, intenției sale de a crea o rețea extinsă de rezistență antisovietică, cu obiective etno-naționale clare, care ar fi fost bazată pe recruți din rândul „tineretului studențesc și a intelighenției de naționalitate moldovenească”. Deși materialele anchetei arată clar că cercul partizanilor lui Șoltoianu nu a depășit, cel mult, cincisprezece până la douăzeci de persoane, el a fost pedepsit mai ales pentru intențiile și îndrăzneala planurilor sale neîndeplinite decât pentru rezultatul real al activității sale. Pregătirea academică a lui Șoltoianu în domeniul relațiilor internaționale și în studii orientale a condiționat și sensibilitatea sa deosebită față de literatura istorică, precum și meditațiile sale extinse asupra naturii „coloniale” a relațiilor ruso-moldovenești din interiorul URSS, pe care le-a comparat sistematic cu experiența imperială a Rusiei. În cursul procesului său de judecată, Șoltoianu a încercat să convingă judecătorii că nu a intenționat niciodată ca activitatea sa să fie „antisovietică” sau „anticomunistă”, subliniind că nu a vizat niciodată sistemul în ansamblu, ci doar dominația etnicilor ruși și presupusele politici de discriminare aplicate față de conaționalii săi moldoveni. Se pare, totuși, că motivația etnică a argumentării sale a convins autoritățile de potențialul pericol al activităților sale, având în vedere faptul că naționalismul local a fost perceput ca fiind cea mai serioasă provocare pentru autorități la periferia sovietică. Unele dintre lucrările și opiniile lui Șoltoianu păreau să incite deschis la revoltă împotriva regimului sovietic, în timp ce critica sa deschisă și radicală a politicii externe sovietice (în special a invaziei sovietice a Cehoslovaciei) a completat această imagine. Probabil cel mai îngrijorător element al planurilor lui Șoltoianu a fost, pentru autoritățile sovietice, proiectul său de a crea o rețea extinsă de asociații studențești la Moscova, Leningrad și într-un șir de alte orașe din partea vestică a URSS (Kiev, Odesa, Harkov, Lvov, Ismail, Cernăuți și Belgorod-Dnestrovskii) . „Naționalismul burghez” și „înclinațiile antisovietice radicale” pe care Șoltoianu le-a manifestat în variantele nepublicate ale proiectatului său tratat politic, deși erau destul de grave din punctul de vedere al autorităților, păreau modeste în comparație cu ambițiile sale organizaționale (în ciuda rezultatelor practice extrem de limitate). Discursul pe care l-a ținut în fața unui grup de studenți moldoveni care vizitau Moscova în ianuarie 1963 părea să confirme potențialul pericol al eforturilor sale de propagandă. Actul de acuzare a rezumat cu atenție activitățile „subversive” ale lui Șoltoianu, descriind apariția și creșterea rețelei sale informale și demonstrând, cel puțin apparent, natura gravă a devierilor sale ideologice prin ample citate din fișele sale personale. Actul de acuzare a fost emis la 12 iulie 1972, cu cinci zile înainte de data pronunțării sentinței finale. Acest document dezvăluie nu numai viziunile lui Șoltoianu, ci și ierarhia pericolului perceput și construit de regimul sovietic la periferiile sale „naționale”. Șoltoianu a fost acuzat (și, în consecință, condamnat) conform art. 67, partea I și art. 69 din Codul Penal al RSSM: agitație și propagandă antisovietică / participare într-o organizație antisovietică care urmărește comiterea unor crime periculoase de stat. Agenda lui anti-imperialistă și anti-rusă radicală, chiar dacă era, în multe privințe, similară cu scopurile și strategia grupului Usatiuc-Ghimpu-Graur, era unică datorită sofisticării și ambiției sale.