Cel mai important eveniment din istoria colecţiei a fost transferul acestuia din custodia Serviciului Român de Informații către CNSAS în perioada 30 octombrie–6 noiembrie 2001. Acest eveniment a deschis posibilitatea returnării materialelor confiscate către proprietarii lor de drept, precum și a cercetării acestora în vederea aprofundării cunoștințelor despre trecutul comunist. Decizia Colegiului CNSAS din 18 decembrie 2001 a reglementat procesul restituirii originalelor confiscate la cererea proprietarilor lor de drept. În aceste cazuri, conţinutul Colecţiei Manuscrise, așa cum a fost predat către CNSAS, este conservat prin fotocopierea tuturor materialelor returnate.
