Institutul de Istorie A. D. Xenopol din Iași este o subdiviziune specializată de cercetare a Academiei Române. Activitatea acestei instituții se axează pe studierea istoriei românilor și universale. În anul 1940, este fondat Institutul de Istoria Românilor A. D. Xenopol din cadrul Facultății de Litere şi Filozofie a Universităţii din Iaşi, condus de profesorul Ilie Minea. Astfel, Iaşiul obțimea o instituţie de cercetare istorică, aidoma celorlalte două mari centre universitare, Bucureşti şi Cluj, unde funcţionau de mai multă vreme institute de istorie naţională sau universală. La 25 mai 1943, acest institut devine „persoană juridică de drept public”, sub numele Institutul de Istorie Naţională A. D. Xenopol de pe lângă Universitatea din Iaşi, funcţionând sub autoritatea Ministerului Culturii Naţionale şi al Cultelor. Odată cu reforma învăţământului şi a Academiei Române din 1948, ce a creat, după modelul sovietic, institute de cercetare mari, cu activitate colectivă planificată, Institutul de Istorie Naţională A. D. Xenopol îşi încetează existenţa şi devine, începând cu anul 1949, secţie a Institutului de Istorie şi Filologie a Academiei R. P. Române – Filiala Iaşi. Activitatea secţiei de istorie s-a desfăşurat sub conducerea prof. univ. dr. Valerian Popovici, în cadrul sectoarelor de istorie medie şi modernă, cărora li s-a adăugat din anul 1953 un sector de istorie veche şi arheologie, iar din 1958 unul de istorie contemporană. În urma unor reorganizări, în anul 1964 s-a constituit Institutul de Istorie şi Arheologie, care, din 1965, şi-a recăpătat numele de A. D. Xenopol. În anul 1967, în cadrul Institutului s-a înfiinţat un colectiv de istorie universală, conducerea sa fiind preluată de prof. univ. dr. Mircea Petrescu-Dîmboviţa. Prin crearea, în anul 1970, a Academiei de Ştiinţe Sociale şi Politice a R.S.R., Institutul de Istorie şi Arheologie A. D. Xenopol a trecut în subordonarea acesteia, sub raport ştiinţific. Sub aspect administrativ, până în anul 1975, Institutul a depins de Filiala din Iaşi a Academiei R.S.R. În acel an, Institutul a fost integrat Facultăţii de Istorie şi Filozofie a Universităţii Al. I. Cuza din Iaşi. Până la căderea comunismului, institutul s-a aflat într-o dublă subordonare, a Academiei de Ştiinţe Sociale şi Politice şi a Ministerului Învăţământului. Începând din 1981, Institutul a fost reorganizat pe colective de cercetare, corespunzătoare preocupărilor cercetătorilor ieşeni: colectivul de preistorie; arheologie daco-romană; arheologie feudală; metode moderne în arheologie; istorie a evului mediu; istorie modernă; istorie contemporană; istorie a relaţiilor internaţionale; istorie a celui de-al doilea război mondial şi istoria culturii.  La începutul anului 1990, Institutul a trecut sub egida Academiei Române. La scurt timp, Secţia de Arheologie s-a constituit în Institutul de Arheologie, iar cea de istorie în Institutul de Istorie A. D. Xenopol, sub conducerea prof. univ. dr. Alexandru Zub. După 1990, Institutul are în componență cinci colective de cercetare: istoria evului mediu; istorie modernă; istorie contemporană; istoria relaţiilor internaţionale şi istoria culturii. În prezent, la Institutul de Istorie A. D. Xenopol activează 25 de cercetători și trei membri ai personalului administrativ (inclusiv o bibliotecară).  Biblioteca este destinată să sprijine în primul rând activitatea ştiinţifică a cercetătorilor din Institut, nefiind o bibliotecă publică. Cu toate acestea, deşi dispune doar de un bibliotecar, ea este deschisă cadrelor didactice universitare şi studenţilor, dar și altor cercetători interesați. Fondul de carte însumează peste 50.000 de titluri de carte şi peste 900 de titluri de reviste, cu mai multe mii de volume.