Colecția arhivistică a fost înființată de Fundația "Jakabffy Elemér Alapítvány" în 2002. Scopul a fost, pe de o parte, colectarea, prelucrarea și furnizarea de informații privind istoria minorității maghiare din România, cu un accent special pe perioada de după 1989. Pe de altă parte, scopul a fost acela de a oferi un cadru instituțional auxiliar maghiar la Cluj-Napoca cercetărilor sociale, în special în domeniile științei politice și a istoriei contemporane. În acest scop, Fundația organizează în mod regulat mese rotunde și seminarii, respectiv își lărgește colecția de manuscrise, colecția de materiale audio (interviuri) și filme documentare, colecția de periodice (începând cu 1990), precum și biblioteca.
Persoana după care Fundația a fost denumită, Elemér Jakabffy (Lugoj, 17 mai 1881 – Satu Mare, 19 mai 1963) a fost politician în Ungaria, respectiv în România după schimbarea imperiului, jurist și publicist, care s-a ocupat intens de chestiunile și problematica minoritară. În 1938, a fost ales membru extern al Academiei Maghiare de Științe. În anului 1944, a fost internat ca ostatic minoritar la București, unde a petrecut opt luni, apoi va fi consemnat la domiciliu obligatoriu la Hațeg până la sfârșitul anului 1954. În 1957 se mută la Satu Mare unde-și trăiește ultimii ani retras.
Așa-numita „Colecție de manuscrise" nu conține numai manuscrise, ci documente de mai multe tipuri. 1) Materialele (fostui) Institut de Studii Maghiare (Magyarságkutató Intézet) de la Budapesta și Colecția de Teorie Socială a Bibliotecii Universității din Szeged (SZTE Társadalomelméleti Gyűjteménye) cuprinzând documente referitoare la maghiarii din România datate din anii '70 încoace. În timp ce documentele de la Szeged au fost produse preponderent în Ungaria, materialele relevante provenite din Budapesta au fost create în România și apoi au fost introduse în Ungaria pentru a preveni ca materialele să ajungă la mâna Securității. Aceste analize și documente care abordează statutului juridic și sociologic al minorității maghiare nu ar fi putut fi publicate în România, și în consecință, au fost transferați în Ungaria prin serviciul de curierat diplomatic maghiar. Deoarece în Ungaria nu există momentan colecții dezvoltate activ care se ocupă de istoria minorității maghiare din România, multe materiale sunt trimise la Colecția arhivistică a Fundației "Jakabffy Elemér Alapítvány". 2) Surse primare și rapoarte de cercetare conexe referitoare la maghiarii din România și Uniunea Democrată Maghiară din România. 3) Copii ale documentelor de arhivă colectate în 2006 de către Comisia Prezidențială pentru Analiza Dictaturii Comuniste din România, cunoscută și sub numele de Comisia Tismăneanu, documente ce privesc minoritatea maghiară. 4) Copii ale dosarelor de urmărire ale intelectualilor maghiari emise de către Securitate. 5) Diferite tipuri de documente făcând parte din moșteniri, inclusiv manuscrise care nu au putut fi publicate în perioada socialismului de stat.
O altă activitate a Colecției arhivistice a Fundației "Jakabffy Elemér Alapítvány " reprezintă îndrumarea profesională în privința dezvoltării conținutului și furnizarea materialelor digitizate portalului academic Erdélyi Magyar Adatbank (Banca de date maghariă din Transilvania, http://www.adatbank.ro/). Digitizarea și difuzarea materialelor prin intermediul Băncii de date reprezintă o componentă majoră a politicii de dezvoltare a Colecției. Obiectivul pe termen lung este de a oferi o imagine cuprinzătoare a societății maghiare din România și a moștenirii sale culturale. Evident, proiectul implică și reprezentarea perioadei socialismului de stat.
Baza Colecției de manuscrise a fost creată de către istoricii Nándor Bárdi și Gábor Vincze. Fundația nu are angajați salariați nici pentru sarcinile de cercetare, nici pentru sarcinile de organizare sau administrative. Activitățile legate de funcționarea bibliotecii sunt menținute de către studenți, materialele noi care intră în colecție sunt prelucrate preponderent tot de de către studenți, îndrumarea profesională este furnizată de către cercetătorii Nándor Bárdi și József D. Lőrincz, în timp ce funcționarea organizatorică este asigurată de cercetătoarea Izabella Györgyjakab și de președintele Fundației, István Székely.
